廣州呼吸疾病研究所（簡稱呼研所）位于廣州醫科大學附屬第一醫院（原廣州醫學院第一附屬醫院）內，創建于1979年，是國內成立的呼吸疾病研究機構之一，其前身是廣州市第四人民醫院慢性支氣管炎防治小組。

1983年，被批準為碩士學位授予單位；

1993年，被評為廣東省重點學科；

1994年，被評為廣東省呼吸疾病研究重點實驗室；

1996年，被廣東省衛生廳批準為廣東省“五個一”科技攻關工程重點實驗室；同年，廣州市教育基金百萬行和廣州市教委撥款250萬建成廣州呼吸監護中心；

1999年，被批準為國家藥監局臨床藥理研究基地，同年與北京大學醫學部聯合培養博士后；

2000年，被批準為醫學博士學位授予單位；

2002年，基礎實驗部搬遷至面積達3000平方米的海印實驗室；同年，霍英東先生捐資1000萬興建的英東廣州重癥監護醫學中心落成；

2003年，呼吸科獲教育部重點學科，并在2006年復評中排名第一；

2004年，設立內科學博士后工作流動站；

2005年，與中科院廣州生物醫藥與健康研究院成立呼吸疾病聯合實驗室；

2006年，胸外科被衛生部評為華南地區唯一的肺移植資質基地；

2007年，獲科技部批準，建設國內唯一的呼吸疾病國家重點實驗室，并于2010年6月正式通過驗收，2011年3月首次通過科技部對重點實驗室的評估；

2008年，胸外科成為全國三大胸腔鏡培訓基地之一；

2009年12月，《Journal of Thoracic Disease》（胸部疾病雜志）正式創刊；

2010年，呼吸疾病防治研究創新團隊獲廣東省首屆南粵功勛獎；呼研所被評為廣東省呼吸醫學工程技術開發中心；重癥醫學科被評為國家臨床重點專科；中美、中加聯合實驗室分別成立；

2011年，胸外科被評為國家臨床重點專科；

2012年，被評為廣東省呼吸醫學工程實驗室；呼吸內科被評為國家臨床重點專科；

2013年，獲批成為我國首批13家國家臨床醫學研究中心之一。

呼研所現已成為國內融呼吸疾病醫療、研究與教學為一體的單位。下設呼吸內科、胸外科、重癥醫學科、變態反應科等臨床學科和基礎實驗、臨床實驗兩個研究部門。其中，呼吸內科、重癥醫學科、胸外科均為國家臨床重點專科，共開放床位350多張。