1971 年，為響應周恩來總理“加強對慢支炎及肺心病防治”的號召，廣州醫科大學附屬第一醫院成立了“慢支炎防治小組”（團隊研究成果1978 年獲得全國科學大會獎）。1979 年“廣州呼吸疾病研究所”在此基礎上成立，成為國內最早的呼吸疾病研究機構之一。2017年8月，廣州市機構編制委員會同意更名為“廣州呼吸健康研究院”（下簡稱呼研院）。從2003年抗擊非典開始，到救治H5N1、H1N1、H7N9、H5N6、MERS流感重癥患者過程中，呼研院厚積薄發、勇挑大梁，用實際行動踐行服務社會的承諾。

呼研院在領軍人物鐘南山院士的帶領下，堅持基礎研究與臨床醫學的緊密結合，不斷開拓創新，逐步發展壯大。經過長期凝煉，呼研院逐步形成了穩定、富有特色的研究方向，集中在重大呼吸道傳染病與肺損傷、支氣管哮喘與慢性咳嗽、慢性阻塞性肺疾病和肺部腫瘤四個領域。其戰略定位是面向國家呼吸疾病研究所的重大需求，瞄準國際呼吸疾病領域臨床與基礎研究的前沿，凝聚和培養一批國內外呼吸疾病相關研究領域杰出科學家的創新團隊。呼研院現已建成國家呼吸疾病臨床醫學研究中心、國家臨床藥物試驗機構（呼吸專業）及五個國家臨床重點專科（呼吸內科、重癥醫學、變態反應疾病學、腫瘤學和胸外科）和一個國家重點建設學科（中西醫呼吸）。

展望未來，呼研院將致力于打造成全國領先、世界一流的呼吸系統疑難和危重疾病臨床診治中心、呼吸疾病防治臨床與基礎研究中心、呼吸疾病防治教學與人才培養中心，呼吸疾病防治研究成果產學研轉化中心。呼研院將繼續保持全國呼吸領域的龍頭地位，致力于打造四大中心，為廣州市、廣東省乃至全國打造一張亮麗的科技名片。