中山大學中山眼科中心（中山大學附屬眼科醫院）的歷史淵源最早可追溯到1835年由美國傳教士醫師伯駕（Peter Parker）創辦的眼科醫局——中國最早的西醫院。

1953年，中山大學醫學院和嶺南大學醫學院合并成立華南醫學院，兩個醫學院的眼科合并為華南醫學院眼科教研組；1954年，光華醫學院眼科也并入華南醫學院眼科教研組；1956年，隨著華南醫學院更名為廣州醫學院，眼科教研組更名為廣州醫學院眼科教研組；1957年，又更名為中山醫學院眼科教研組。

在此基礎上，1965年10月，陳耀真教授、毛文書教授等創辦成立了中山醫學院眼科醫院，這是第一間中國高等院校附屬眼科醫院。1983年6月，中山醫學院中山眼科中心成立，下設眼科醫院、眼科研究所、防盲治盲辦公室，這是我國第一間集醫療、教學、科研、防盲治盲于一體的現代化多功能眼科中心。

1985年，更名為中山醫科大學中山眼科中心；1997年，中山醫科大學眼科視光學系掛牌成立，中山眼科中心進一步發展成為所、院、辦、系四位一體的眼科中心；2001年10月，隨著中山大學與中山醫科大學的強強合并，更名為中山大學中山眼科中心。

中山大學中山眼科中心臨床研究中心是一個為所有涉及人體的研究提供專門管理和服務的臨床研究平臺，藥物臨床試驗機構為其一個重要組成部分。自1999年獲得“國家藥品臨床研究基地證書”開始，藥物臨床試驗機構已經成為中國眼科藥物臨床試驗的重要基地，并于2013年3月正式按業務科室建制管理、獨立運行，成立為中山大學中山眼科中心臨床研究中心/藥物臨床試驗機構。